一、上游：
食品生技產業鏈上游為動植物、微生物、礦物、發酵物等原料供應及研發廠商。原材料分別有來自化學品、天然植物、動物、礦物、天然萃取物、微生物菌種及相關的動植物細胞等，其中大多數以一般化學為原材料。由全球市場來看，目前保健食品原料需求以營養素及礦物質需求量最高、維生素次之，植物萃取類為第三大市場。
酵素原料業為食品生技上游產業中發展重點之一，原料的來源有從天然物取得者，有從微生物發酵或動植物細胞培養而來，主要製程技術在回收、萃取、分離、純化及製劑配方；由一般化學品製備者，主要製程技術為複雜的有機合成及分離純化。
近年來因生物技術的進步，利用基因工程製造的基因轉殖動植物，可以直接培養做為生產藥材。目前保健食品原料仍多仰賴進口，近來我國政策推動，透過產學合作，將研發成功的技術技轉給廠商，使用台灣特有植物、農特產產品或食品，加工為保健、機能食品，如台灣骨碎補、桑黃、黑蒜頭、藻類等；亦或利用微生物開發具有生理活性潛力的新穎化合物、保健配料等，進一步生產為可抗發炎乳酸菌產品。
二、中游：
食品生技產業鏈之中游，主要為原材料加工階段，加工項目包含保健食品、機能性食品、膳食補充食品、食品添加劑、食用酵素等。
保健食品為幫助維持身體健康、或增進攝取生活飲食中不足的營養成分，型態分為粉末、膠囊、錠劑、液狀、凍狀、餅狀、茶包等。因劑型的不同常見不同的添加物，如抗氧化物、營養添加物、食用著色劑等。
食品生技因具有產品開發、上市時程速度快，風險低等優勢，相較法規壁壘高的醫藥類產品，此類消費性產品更具拓展彈性。近年興起的機能性保健產品及發酵乳更是帶動食品生技產業的主力，其中以發酵乳銷售成長最為快速。食用性調節生理機能、養顏美容產品在食品生技銷售比重逐年上升，如山茶花膠囊/錠、膠原蛋白飲/凍，其中膠原蛋白由牛皮、牛骨、豬皮、魚皮、魚鱗等原料水解製成，其中目前市場以魚水解製成之膠原蛋白產品銷售最受歡迎。此外，機能性食品如水溶性膳食纖維、利用紅麴菌、米發酵生產降膽固醇的保健品，綠豆皮和麴菌生產抗發炎的發酵品，利用牛樟芝、靈芝與菌種發酵生產的保健食品等，都是眾多廠商積極投入開發之領域。
三、下游：
食品生技產業鏈之下游，係指保健食品代理銷售及通路商，包含自有品牌生產及銷售廠商。依食品所統計，目前台灣仍以多層次傳銷或直銷為主，其次依序為醫院診所/藥房/藥妝店、一般食品店（包括連鎖超市、便利商店、福利中心）、電視購物／電台購物／郵購／網路購物等。近來亦有廠商藉由和中藥店合作方式，快速地拓展其銷售據點。由於此領域技術門檻較低，市場競爭劇烈，又因許多通路紛紛搶進網路購物市場，衝擊既有的實體通路，藉此可觀察出，目前保健食品市場已接近飽和，各通路銷售金額除電視／電台／郵購／網路購物與不定點展售有提升外，其餘則衰退。以銷售比例來看，多層次傳銷或直銷下降最大，藥房及藥妝店、一般食品店、電視／電台購物／郵購／網路購物則略為提升。
保健食品產業屬行政院推動之六大新興產業中「生技起飛」計畫下食品生物技術的應用範疇，並與醫療照護、精緻農業、生技等產業息息相關。面對日益龐大的醫療支出，高齡化社會到來，促使保健意識提升，個人健康管理逐漸落實在個人日常生活中。隨著生物科技的進步，不僅帶動台灣再生醫療、製藥產業發展，也讓新興技術延伸至保健產品領域，開發更多具有預防、修補或延緩疾病效果的機能性商品。
在健康及預防需求興起下，全球保健食品市場仍將持續成長。而在全球保健食品市場中，亞太地區因所得成長性高而使得市場受外界矚目，其中又以中國大陸、印度市場較具發展性。在中國大陸十三五計劃推動下，生技健康產業快速發展，台灣眾多廠商透過與中國大陸廠商合作開發、異業結盟等方式來積極搶攻中國大陸保健食品市場。但近來在台灣或美國皆爆發了不少保健食品的安全問題，如標示不實、使用非法原料等，嚴重打擊消費者信心，這也使得包括台灣在內等國家，對於保健食品的產品原料、生產和品質檢驗、功能規範等相關法規將日趨嚴謹，例如中國大陸新修訂的食安法即將在2015下半年正式上路，進口保健食品亦須取得批准與註冊證號，對於台灣生技食品廠商在跨足海外市場時，需多加留意後續的影響與發展。
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